Le variant Delta fait de la résistance, alors que la nouvelle souche Omicron se répand sur le territoire. Résultat de cette cohabitation : 193 nouveaux décès, plus de 328 210 contaminations en 24 heures vendredi. Au 20 décembre 2021, le variant Delta représentait 50,2% des virus séquencés, contre 49,3% pour le variant Omicron selon une enquête Flash basée sur le séquençage de 922 échantillons. Malgré la progression fulgurante de la nouvelle souche détectée en Afrique du Sud - elle constituait seulement 1,4% des virus séquencés au 6 décembre - le Delta reste bien présent dans l'Hexagone. "On peut parler de co-circulation des variants Delta et Omicron", indique à L'Express Yannick Simonin, virologiste et enseignant chercheur à l'université de Montpellier.
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Pour comprendre la situation, un détail important : si les infections liées à Omicron progressent rapidement, cela ne signifie pas que le nombre de contaminations Delta baisse fortement. "Pour l'instant, nous sommes sur deux épidémies parallèles", constate le virologue. Au 3 janvier, on évaluait à environ 40 000 les contaminations quotidiennes dues à Delta d'après une estimation basée sur une extrapolation des tests criblés. A titre de comparaison, ce chiffre s'élevait à 47 000 le 13 décembre. Autrement dit, le variant Delta se trouve sur un plateau légèrement descendant au niveau national. Depuis le début de l'épidémie, les remplacements progressifs de variants sont devenus fréquents mais "c'est inédit que la France connaisse une circulation aussi intense de deux variants", soutient Yannick Simonin.
Mais ce n'est pas la première fois que des souches différentes circulent en même temps sur le territoire, comme le rappelle l'épidémiologiste Jonathan Roux : "Quand le variant Alpha était majoritaire en France, il ne faut pas oublier que les souches Beta et Gamma circulaient également à 5%. Nous avions des poches dans la population où ces deux petits variants réussissaient à se propager." Jusqu'à ce que le variant Delta devienne majoritaire. Actuellement, les variants Omicron et Delta circulent de façon inégale sur le territoire. En Bretagne, 100% des virus séquencés sont issus d'Omicron, alors que dans la région voisine - en Normandie - 72,5% sont issus du variant Delta. "En semaine 52, Omicron était détecté dans 90% des cas criblés en Ile-de-France, mais seulement 51% en Paca (...) la vague Delta n'est pas du tout terminée", affirmait vendredi dans l'Express l'épidémiologiste Dominique Costagliola.
"La logique voudrait qu'Omicron prenne le dessus"
Si le variant Delta conserve une circulation active, c'est que les conditions restent favorables à la propagation du Covid-19 rappelle Yannick Simonin : "Nous sommes en hiver, nous restons plus souvent dans des lieux clos et les mesures de restrictions restent légères comparées à celles prises chez nos voisins." A cela s'ajoute une partie de la population - cinq millions de personnes - qui n'est pas encore vaccinée quand d'autres n'ont pas encore reçu leur dose de rappel. "Le variant Delta a bénéficié d'une baisse globale de l'immunité dans la population et Omicron de sa plus grande transmissibilité et d'une capacité à ré-infecter, ses mutations lui conférant un échappement au système immunitaire (vaccinal ou à la suite d'une infection)", explique Mylène Ogliastro, virologue et chercheuse à l'Inrae de Montpellier. Aussi, le variant Omicron est arrivé en Europe à un moment ou la vague Delta était encore très haute.
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"C'est une image complexe que nous avons aujourd'hui, difficile de l'interpréter, car il y a beaucoup de facteurs confondants, spatiaux et temporels qui expliquent la coprésence des deux variants", reprend la spécialiste. Par exemple, le variant Omicron semble se propager davantage chez les plus jeunes moins ciblés par Delta. Et combien de temps pourrait durer cette cohabitation ? "Le maintien de Delta que l'on observe dans certaines régions n'est peut-être qu'une question de temps et/ou lié à un effet géographique, Delta ayant eu dans certaines régions une incidence très élevée (liée à une immunisation globale plus faible) ce qui a laissé "peu de place" au variant Omicron pour s'installer.", répond Mylène Ogliastro. Afin d'avoir une idée de la situation future, certains spécialistes recommandent de se tourner vers le Royaume-Uni, qui depuis le début de l'épidémie a une dizaine de jours d'avance sur la France.
"Chez eux, on remarque que le variant Delta accuse une baisse légère", commente Yannick Simonin. Selon le spécialiste, la souche découverte en Inde pourrait poursuivre sa décroissance - très progressive - grâce à deux facteurs : la vaccination et le fait que personnes infectées à Omicron pourraient avoir moins de probabilité d'être infecté par Delta. Concernant cette dernière hypothèse, le virologue s'appuie sur une prépublication mise en ligne sur MedrXiv le 27 décembre : une équipe de chercheurs sud-africains de premier plan a montré qu'une infection par la souche Omicron entraînerait une augmentation des anticorps contre le variant Delta chez les personnes vaccinées. En d'autres termes, la nouvelle souche venue d'Afrique australe pourrait protéger contre les autres variants à la létalité plus grande. "On va se retrouver encore un certain temps avec Delta, mais la logique voudrait qu'Omicron prenne le dessus", continue le virologue.
Alors que le pic de l'épidémie devrait être atteint dans les prochains jours, l'épidémiologiste Jonathan Roux mise sur la prudence. Il décrit deux scénarios : "Soit le variant Omicron fait comme Delta et est à l'origine de plus de 99% des contaminations en France. Puisque le variant est moins dangereux, ça peut être d'un certain point de vue bénéfique. L'autre possibilité, c'est que les variants cohabitent, par contre on ne sait pas dans quelles mesures ils vont le faire." En Afrique du Sud, le variant Omicron est devenu majoritaire parmi les cas positifs séquencés, mais le pays n'était pas balayé par une vague épidémique similaire à celle connue en France. "Le variant Delta ne circulait pas autant que chez nous. On ne sait pas s'il peut survivre face à Omicron", reprend Jonathan Roux. D'autant que le variant Delta continue de circuler dans le monde. "Le risque, c'est qu'il revienne par des liaisons internationales", affirme-t-il.