La huitième vague se termine, mais bien malin qui peut dire quand surviendra la neuvième. Loin d'être devenu endémique, le Covid reste imprévisible, et le Sars-CoV-2 pourrait encore nous jouer des tours à sa façon. En attendant, c'est l'épidémie de bronchiolite qui prend de court les autorités sanitaires, par son ampleur inédite. Alors que l'hiver n'a pas encore commencé, nul ne se risque à prédire son évolution. Les hospitaliers, débordés, en sont réduits à parer au plus pressé. Tout cela alors que la grippe n'est pas encore arrivée, et que les effets de la co-circulation probable de ces virus dans les prochains mois restent mal étudiés... Un contexte qui devrait pousser à investir dans le suivi et la modélisation de ces viroses respiratoires, pour mieux les anticiper, et même les prévenir, plaide Mircea Sofonea, épidémiologiste à l'université de Montpellier. Entretien.
L'Express : Avec l'évolution du virus et la multiplication des sous-variants, l'épidémie semble devenir de plus en plus imprévisible. Sommes-nous condamnés à nous faire surprendre par les vagues de Covid ?
Mircea Sofonea : Il y a encore quelques mois, nous pouvions suivre quasiment en temps réel le remplacement d'un variant par un autre grâce aux données issues du criblage des tests PCR. Cette stratégie repose sur la détection de mutations discriminantes définies au préalable, sans avoir à séquencer l'ensemble du génome viral. Cela permet d'obtenir l'information dans la foulée des résultats de la PCR. Malheureusement, les moyens ne sont pas au rendez-vous pour la mettre à jour et l'adapter à l'arrivée des nouveaux variants.
En conséquence, nous n'avons plus que le séquençage pour disposer d'informations sur les virus en circulation. Or, pour des raisons matérielles, cette technique ne porte que sur un sous-échantillon des prélèvements et les données n'arrivent qu'après plusieurs jours. Elles sont ensuite consolidées au bout de deux semaines dans le cadre des enquêtes Flash produites par le consortium Emergen et publiées par Santé publique France. Le décalage est donc important, ce qui pose un problème pour anticiper la dynamique de l'épidémie.
L'alternative serait de recourir à davantage d'analyses statistiques et de modélisation pour exploiter ces signaux de moindre qualité, redresser les données et fournir des outils d'anticipation pour le système de soins. Mais cela demande d'investir dans la recherche, car à chaque fois il y a un défi méthodologique. Malheureusement, la France manque de moyens pour assurer ce suivi des épidémies virales dans les meilleures conditions possibles.
Il n'y a plus de financements pour la recherche sur le Covid ?
Depuis avril 2021, il n'y a plus de guichet spécifique pour des travaux sur l'épidémiologie du Covid-19, ni même sur les interactions, directes et indirectes, avec les autres viroses respiratoires, typiquement ce que l'on observe déjà avec l'épidémie de bronchiolite. Sur ce sujet en particulier, il y a pourtant un besoin, qui a été largement souligné par Santé publique France lors de son séminaire national en juin dernier. Mais les moyens de financements ne sont pas au rendez-vous.
Mon équipe avait obtenu des fonds en 2020 par la région Occitanie, puis par l'université de Montpellier et par le consortium Emergen. Mais à part le prolongement d'un contrat de postdoctorant par le CNRS pour un an, nous n'avons reçu aucun autre financement en 2022 qui nous permette d'entretenir notre activité de recherche et d'expertise sur le Covid et les viroses respiratoires. L'ANRS-MIE [NDLR : l'agence qui coordonne la recherche sur les maladies infectieuses émergentes en France] a bien lancé un appel à projet Covid, mais il était restreint au Covid long, qui nécessite ses propres fonds aussi. Pour le reste, il n'y a plus rien de prévu.
Les financeurs traditionnels de la recherche pensent peut-être que des équipes comme la nôtre disposent toujours de budgets conséquents ou de voies parallèles, via le gouvernement ou les agences sanitaires, alors que ce n'est pas du tout le cas. Nous nous sommes beaucoup investis sur le Covid, pour répondre à toutes les demandes qui nous ont été adressées par les hôpitaux, les médias, les agences nationales et régionales, les parlementaires, pendant deux ans et demi. Pour tout ce travail d'expertise et de diffusion scientifique, nous n'avons pas bénéficié de dotations spécifiques, cela a été pris sur nos activités habituelles. A présent, nous devons reprendre les projets que nous avions laissé en suspens, et c'est la même chose pour nos doctorants, alors même que le Covid continue de constituer un enjeu scientifique et sanitaire. C'est regrettable : alors même que l'on s'attendait à une baisse de l'effort de dépistage qui allait rendre nécessaire de modifier nos modalités de surveillance, il n'y a eu aucune anticipation pour adapter les outils de la recherche publique à ce nouveau contexte.
Qu'en est-il des autres équipes françaises de modélisation ?
Nous sommes organisés en action coordonnée et groupes de travaux, et nous continuons à interagir de façon régulière. Mais il est évident que nous ne pouvons pas couvrir toutes les questions à financement constant, alors même que l'épidémie se complexifie dans ses processus, avec des niveaux d'immunité différents dans la population, de multiples variants qui ont des capacités de réinfection variables et que, par ailleurs, les approches quantitatives doivent constamment évoluer pour compenser la baisse de la quantité et de la qualité des données. A l'étranger, les investissements sont souvent beaucoup plus importants qu'en France. En Grande-Bretagne par exemple, chaque grande ville universitaire a son équipe de modélisation, avec des financements conséquents.
Que font les Britanniques que nous ne pouvons pas faire en France ?
Des enquêtes de prévalence, par exemple : ils testent un échantillon aléatoire de la population pour évaluer la véritable circulation du virus, au lieu de se baser sur des tests de dépistage qui ne sont plus représentatifs. Lors des précédentes vagues, les scientifiques anglais ont pu nous renseigner très tôt sur les caractéristiques des variants, leur contagiosité, leur échappement immunitaire, etc. Cela nous a aidés à renseigner nos modèles. Avec BQ1.1, la France a été touchée parmi les premiers pays en Europe et nous avons bien vu que nous n'étions pas en mesure de fournir le même niveau d'analyse aussi rapidement que nos voisins avaient pu le faire.
Une meilleure capacité d'analyse épidémiologique et de modélisation aurait-elle un impact sur notre gestion de l'épidémie, alors que la France, comme d'autres pays, a pris le parti de "vivre avec" le virus ?
Bien sûr. Nous n'avons plus beaucoup de mesures de prévention, en dehors de la vaccination, et on voit bien que le fardeau sanitaire du Covid reste élevé. Que le public soit lassé et que l'attention médiatique diminue, ce qui est respectivement normal et souhaitable, ne devrait pas freiner les efforts en coulisse pour contrôler et appréhender au mieux la circulation future. Au-delà des formes graves, une meilleure anticipation pourrait éviter à des milliers de personnes d'être malades et de voir leur qualité de vie dégradée, si l'on considère les Covid longs. L'enjeu est de repérer rapidement les reprises épidémiques à l'échelle des villes, et d'en limiter la propagation de façon ciblée, avec des contraintes minimales. Nous pourrions aussi évaluer les mesures qui seraient le plus utiles pour freiner la co-circulation de virus, comme on le voit aujourd'hui avec le VRS, entre autres agents de la bronchiolite, ou peut-être demain avec la grippe. Il est vraiment dommage de s'accommoder de cette situation, alors qu'une large part de ces infections pourraient être évitées.