Alors que la huitième vague de Covid-19 a atteint son pic, la prochaine est sans doute déjà en germe. Les scientifiques suivaient avec inquiétude depuis quelques semaines l'émergence de multiples descendants dans la famille Omicron, apparus un peu partout dans le monde plus ou moins au même moment. Dans cette "soupe" composée de centaines de sous-variants, quelques-uns commencent à se distinguer. BQ1 et BQ1.1, en particulier, se répandent déjà en Europe et en Amérique du Nord.
Le Centre européen pour la prévention et le contrôle des maladies (ECDC) a publié le 21 octobre une synthèse des données les plus récentes. Elles montrent que ce sous-variant représente déjà 19% des tests séquencés en France, 11% aux Etats-Unis, 9% en Belgique et en Suisse, ou encore 8% au Royaume-Uni. "Ces informations datent du 9 octobre, donc sa part est sans doute encore plus importante actuellement", relève le Pr Mahmoud Zureik, épidémiologiste à l'université de Versailles-Saint-Quentin.
Car BQ1.1 progresse vite. D'après l'équipe de modélisation de l'épidémiologie et de l'évolution des maladies infectieuses de l'université de Montpellier, ce variant présenterait un avantage de croissance de 145% par rapport aux autres lignées en circulation. Pour l'instant toutefois, les spécialistes doutent que BQ1.1 ait déjà un impact sur l'évolution du nombre de cas. La huitième vague est en effet due à BA.5, comme la précédente. "Nous arrivons à une sorte de plateau. Mais un plateau peut cacher des changements importants, avec la diminution d'un variant, et l'essor d'un autre", relève T. Ryan Gregory, biologiste de l'évolution à l'université Guelph au Canada.
Pour que l'effet d'un nouveau variant sur le nombre de cas devienne visible, il faut qu'il soit impliqué dans au moins 50% des infections. Un seuil que BQ1.1 "pourrait atteindre dans les prochaines semaines ou les prochains mois, en fonction de son poids actuel dans les infections au sein des différents pays concernés", notent les experts de l'ECDC. Pour ce qui concerne la France, l'épidémiologiste Mircea Sofonea, membre de l'équipe de modélisation de l'Université de Montpellier, estime que BQ1.1 devrait remplacer les lignages ancestraux BA.5 dans le courant du mois de novembre : "Les vacances de la Toussaint pourront repousser mais non empêcher la reprise épidémique. Depuis le début de l'épidémie, la dynamique liée à l'émergence d'un nouveau variant est toujours la même", explique le scientifique.
"Il faut attendre encore une à deux semaines"
Mais les incertitudes restent encore importantes, a de son côté souligné le virologue Bruno Lina, lors d'un point presse du nouveau Covars (Comité de veille et d'anticipation des risques sanitaires) : "Cette fois-ci, le variant BQ1.1 est un descendant direct de BA.5, et les différences entre eux sont moins importantes que les différences entre Delta et Omicron. Il y aura un effet de rebond seulement si BQ1.1 dispose de vrais avantages par rapport à BA.5, en termes de transmission notamment. Il faut attendre encore une à deux semaines pour voir ce qu'il en est".
Pour l'instant, une étude chinoise a montré en laboratoire que BQ1.1 présentait des capacités d'échappement immunitaire importantes : cela signifie que les anticorps fabriqués à la suite d'une vaccination ou de précédentes infections sont moins efficaces pour nous protéger d'une infection par ce variant. "Il s'agit toutefois de données très préliminaires, qui devront être confirmées par d'autres publications", indique le Pr Mahmoud Zureik. Ce premier travail a en effet été réalisé avec du sérum de patients triplement vaccinés avec un produit chinois (Coronavac), et non avec des vaccins à ARN messager comme ceux utilisés en Europe ou en Amérique du Nord.
Mais l'étude des mutations présentes sur ce sous-variant laisse tout de même peu de doutes sur le fait qu'il présente effectivement un échappement immunitaire. En revanche, les scientifiques ne savent pas encore quelles en seront les conséquences, ni s'il est aussi doté d'une transmissibilité accrue par rapport à BA5. "Habituellement, ce sont des données qui nous sont fournies par les équipes britanniques, car ce pays dispose de remarquables capacités de surveillance et d'analyse en temps réel du virus bien meilleures que les nôtres. Mais cette fois-ci, c'est la France qui est en avance sur les autres pays européens dans la diffusion de ce virus. Nous manquons donc de visibilité", regrette Mircea Sofonea. Mais même s'il s'avérait que BA.5 ait effectivement la capacité d'entraîner un nouveau rebond épidémique, cet expert ne s'attend pas à ce que celui-ci soit plus massif que les précédents : "Nous restons dans la famille Omicron, il n'y a donc pas de remise à plat de l'immunité populationnelle, contrairement à ce que nous avons vu à la fin de l'année dernière, quand Omicron a remplacé Delta et entraîné une vague très importante", indique-t-il.
Les scientifiques se veulent également rassurants sur les symptômes qui pourraient être provoqués par BQ1.1. "Il garde les caractéristiques d'Omicron, avec un tropisme pour les voies aériennes supérieures et moins de formes graves qu'avec les précédents variants", a souligné Bruno Lina. Pour autant, la situation actuelle est loin d'être satisfaisante. Même si les niveaux de contamination sont moins importants qu'en début d'année, nous en sommes tout de même à la quatrième vague cette année, avec un nombre de décès lié au Covid qui reste très important - de l'ordre de 80 par jour actuellement, selon les données du Covars.
"Toutes les pièces se mettent en place pour que l'hiver soit compliqué"
La lenteur de la campagne de rappel vaccinal reste donc un sujet de préoccupation. "Nous avons de 15 à 20 millions de personnes fragiles à revacciner, et nous en sommes à seulement 30 000 par jour. Il faut espérer que la campagne combinée Covid-grippe permette d'accélérer le mouvement, car plus le temps passe depuis la dernière injection et plus le nombre de personnes insuffisamment protégées augmente", constate Mahmourd Zureik. "Entre la diminution de l'immunité dans la population, la saison hivernale et l'abandon des mesures barrières, toutes les pièces se mettent en place pour que l'hiver soit compliqué", complète T. Ryan Gregory.
Des nouvelles plutôt rassurantes sont toutefois venues d'Asie ces derniers jours. Là-bas, c'est le sous-variant XBB, un descendant de BA.2, qui inquiétait. Vraisemblablement doté lui aussi de très bonnes capacités d'échappement immunitaire, il a provoqué une nouvelle hausse des contaminations à Singapour. Mais celle-ci vient finalement d'atteindre son pic - plus rapidement que ne l'anticipaient les observateurs. "Beaucoup s'attendaient à une vague supérieure à celle causée par BA.5, mais une application forte des mesures non pharmaceutiques (des gestes barrières, NDLR) et un bon niveau de rappel vaccinal ont certainement contribué à en limiter l'ampleur", s'est réjoui sur Twitter Eric Topol, un scientifique américain très écouté.
Néanmoins, l'émergence de très nombreux sous-variants quasiment au même moment à différents endroits de la planète pourrait encore nous réserver à l'avenir quelques surprises. "Pour l'instant, ils circulent plutôt dans des zones géographiques assez différentes, mais ils pourraient très bien se diffuser plus largement", constate T. Ryan Gregory. Quelles en seraient les conséquences ? "Si nous avons de la co-circulation, c'est-à-dire la circulation de plusieurs variants au même endroit, il sera encore plus difficile d'anticiper les évolutions de l'épidémie, car le danger pourra venir de multiples sources génétiques", imagine Mircea Sofonea. Une chose est sûre, nous sommes encore loin d'une phase où nous vivrions avec un virus devenu endémique, comme le prédisaient certains voilà encore quelques mois. Une des principales caractéristiques de l'endémicité d'un virus est en effet son caractère prévisible. Tout le contraire de la situation actuelle.