Verra-t-on la fin du tunnel ? Depuis deux ans, la France vit au rythme des vagues épidémiques entrecoupées de discours guerriers et parfois optimistes. Actuellement, le tableau sanitaire est difficilement lisible : si le nombre de cas positifs continue à augmenter - et à battre des records à plus de 300 000 contaminations quotidiennes sur la moyenne des sept derniers jours - la pression sur l'hôpital et notamment les services de réanimation stagne. Cette semaine, l'inquiétude vient des propos du professeur Antoine Flahault, épidémiologiste et directeur de l'Institut de Santé globale à l'université de Genève. Le spécialiste l'affirme : ce rebond très récent des contaminations pourrait avoir été causé par un nouveau variant du Covid-19 doté du nom de code "BA.2" ("BA.1" pour la souche originelle du variant Omicron). Il a été repéré en Inde et à Singapour.
"La nature même d'un virus, c'est de muter. Forcément, il y aura d'autres variants. Quand il rentre dans une cellule, le virus fait des millions de copies de lui-même et parfois des copies un peu différentes de celles de départ. C'est ce qui entraîne des variants", explique à L'Express Yannick Simonin, virologiste et enseignant chercheur à l'université de Montpellier. Autrement dit, tant qu'il continue de circuler, le virus va muter. Mais la question est la suivante : comment éviter que des variants à haut potentiel pandémique n'émergent ? Parmi les différents mutants, il faut distinguer ceux qui sont classés comme "préoccupants" des autres qui s'avèrent moins dangereux. "Pour l'instant, ce qui inquiète, ce sont ces mécanismes évolutifs relativement rapides qui permettent l'émergence des variants dont on ne peut prédire quel sera le niveau de virulence", reprend Mylène Ogliastro, virologue et chercheuse à l'Inrae de Montpellier. Selon l'experte, les mutations d'un virus ne signifient pas que le variant sera moins pathogène.
"L'élément important pour un virus, c'est sa transmission (...) En revanche la virulence semble être un 'dégât collatéral' lié davantage à des dérégulations de notre système immunitaire et ne présente aucun avantage sélectif pour le virus puisqu'il s'est transmis avant ces symptômes sévères", indique la virologue. Sur cette question, les scientifiques sont divisés. Plus optimiste que sa consoeur, Yannick Simonin estime que l'on peut imaginer les nouveaux variants poursuivre dans le sens d'Omicron (plus contagieux et moins pathogène). "Ils vont s'adapter progressivement à l'homme." Le spécialiste explique que lorsqu'un nouveau virus arrive dans une espèce, il tâtonne et mute beaucoup. Sa conclusion : à terme, il aura de moins en moins de mutations. Le virus trouvera un "équilibre" entre l'humain et sa façon de se propager. "Il ne faut pas que le mot variant fasse peur. Il peut même y avoir des variants qui seraient bénéfiques - c'est-à-dire encore plus contagieux qu'Omicron, mais moins dangereux", poursuit-il.
"Il faut monter le niveau d'immunité"
Alors que le variant Omicron a pris le dessus en France sur son prédécesseur, il pourrait être difficile de le détrôner. Deux éléments pourraient faire barrière à un nouveau variant : une large couverture vaccinale - 43% de la population a reçu sa dose de rappel - et les infections liées au variant Omicron qui confèrent à la population une plus large immunité. Pour qu'un variant émerge, il doit bénéficier d'une large circulation du virus - réduite par la vaccination. "Il faut monter le niveau d'immunité", reprend Mylène Ogliastro. Parmi les schémas futurs envisagés, certains experts estiment que l'on pourrait s'orienter vers une vaccination saisonnière destinée aux plus fragiles - un modèle calqué sur celui de la grippe. "C'est un virus quand même plus stable. Pour la grippe, il faut mettre à jour le vaccin régulièrement alors que celui contre le Covid-19 réalisé à partir de la souche d'origine est toujours efficace", ajoute Yannick Simonin.
Ce qui constitue un terreau fertile pour le nouveau variant : une couverture vaccinale faible comme en Afrique où la problématique est un peu particulière. Beaucoup de patients porteurs du VIH ont un système immunitaire très affaibli. "Le virus va rester longtemps dans l'organisme de ces personnes. Cela laisse du temps au virus d'accumuler de nouvelles mutations et d'avoir de nouveaux variants", décrit Yannick Simonin. A ce moment-là, est-ce qu'un nouveau variant pourrait se faire une place dans notre population largement vaccinée ? "Il n'y a pas de raison de penser qu'un nouveau variant échapperait à la protection immunitaire. Cependant, on ne peut rien exclure", répond l'expert. En attendant, il reste nécessaire de vacciner les populations non protégées. Selon une étude publiée le 18 janvier par des scientifiques du Centre d'écologie fonctionnelle et évolutive (CNRS/université de Montpellier), la stratégie la plus adaptée est de vacciner les personnes plus âgées.
"Cela permet à la fois de minimiser la sélection pour un variant résistant et la mortalité totale", écrivent-ils. En parallèle de la vaccination, il faut continuer à garder les yeux rivés sur l'évolution du virus. "Il est nécessaire d'assuré une épidémio-surveillance importante comme celle que l'on a réalisée au niveau mondial jusqu'à présent et ce qui est fait depuis longtemps également pour le virus de la grippe", affirme Mylène Ogliastro. Afin d'éviter la propagation d'un variant à haut potentiel pandémique, l'arsenal sanitaire va devoir être affiné : développement de vaccins innovants, tests et capacités de séquençage pour surveiller le virus ou encore le recours à l'intelligence artificielle pour repérer les mutants plus dangereux. C'est ce qu'a décidé de faire la société française, Instadeep, spécialisée dans l'IA et le big data : "Quelque 12 000 séquences nouvelles sont déposées chaque semaine dans les bases de données internationales. Personne ne peut toutes les examiner", expliquait récemment dans L'Express son dirigeant, Karim Beguir. Une chose est sûre : les prochains variants sont sous haute surveillance.