Plus de deux ans après l'apparition du virus responsable de la pandémie de Covid-19, la recherche des origines du SARS-CoV-2 se poursuit. Une étude parue ce mercredi dans la revue scientifique Nature identifie, chez 46 espèces de chauves-souris (de six familles de chiroptères) vivant dans une zone du nord du Laos, trois virus très proches génétiquement du SRAS-CoV-2, capables d'infecter des cellules humaines. L'une de ces souches a d'ailleurs pu être cultivée. Une découverte qui confirme une étude de l'Institut Pasteur publiée dans la revue Research Square en septembre dernier. Marc Eloit, responsable du laboratoire "Découverte de pathogènes" à l'Institut Pasteur (Paris), a dirigé l'étude et revient pour L'Express sur les principaux résultats. Entretien.
L'Express : Quels sont les principaux résultats de votre dernière étude ?
Marc Eloit : Le premier point : chez des chauves-souris qui vivent dans un très grand relief calcaire, partagé entre le sud de la Chine, le nord du Laos et du Vietnam, on a trouvé des virus extrêmement proches du SRAS-CoV-2 et qui sont capables d'infecter des cellules humaines. Et notamment un précurseur identique à 98%, qui reconnaît les cellules humaines et s'y attache même mieux que les premiers isolats du Sars-CoV-2.
Deuxième point : il manque à ces virus, pour ressembler totalement à Sars-CoV-2, un petit site que l'on appelle "site de clivage par la furine". Celui-ci ne détermine pas la capacité d'infection des cellules, mais détermine le pouvoir pathogène pour l'homme. Cela rend donc crédible l'hypothèse d'un virus de chauve-souris ayant pu infecter l'homme. Peut-être de manière silencieuse dans un premier temps, avant qu'apparaisse une souche plus pathogène.
Que cela nous dit-on sur la connaissance des origines du SRAS-CoV-2 ?
La transmission directe de virus de la chauve-souris à l'homme - donc sans animal intermédiaire - est tout à fait possible. Or ce virus n'est pas apparu là où vivent les chauves-souris mais dans une mégapole située beaucoup plus loin, à Wuhan, à 2 500 km de ce relief calcaire. Cela pose donc la question de la manière dont il a été transporté.
Peut-on dorénavant privilégier l'hypothèse de la zoonose à celle de l'accident de laboratoire, qui n'est pas encore écartée ?
Non, on ne peut pas la privilégier. Il y avait plusieurs points sur le laboratoire, je voudrais les clarifier. Parmi les hypothèses, il y avait celle d'un virus totalement issu de recombinaisons faites en laboratoire. Or, on s'est rendu compte que ce virus présent dans la nature pouvait directement infecter les cellules humaines, sans manipulation au préalable. Autrement dit, il n'y a pas besoin de postuler, pour cette partie, une quelconque intervention humaine. On connaît également d'autres virus pour lesquels la multiplication chez un hôte suffit pour acquérir un "site furine". Le fait qu'on ne le trouve pas n'écarte pas la thèse qu'il ait été créé en laboratoire, mais il existe également des possibilités naturelles pour expliquer son apparition.
Ce que l'on n'explique pas pour l'instant, c'est le transport à plusieurs milliers de kilomètres de distance. Le fait que ce virus émerge dans une ville qui héberge l'un des rares laboratoires dans le monde travaillant sur les coronavirus de chauve-souris peut être une pure coïncidence, comme il en existe. Mais c'est un argument qui suggère qu'il peut y avoir un lien avec l'activité du laboratoire de virologie de Wuhan (WIV). Là encore, ce lien peut être direct : on multiplie un virus, le manipulateur se contamine et puis il se propage dans la population. Ou cela peut venir de personnes du laboratoire parties collecter des échantillons dans des grottes et qui sont rentrées chez elles, en famille, en étant contaminées.
Reste-t-il la possibilité d'un ou plusieurs hôtes intermédiaires, relais entre la chauve-souris et l'homme ?
Nos recherches prouvent qu'il n'y a pas besoin de postuler l'existence de tels animaux intermédiaires. Par ailleurs, on n'en a pas trouvé pour le moment. Je rappelle aussi qu'en ce qui concerne le MERS-CoV (syndrome respiratoire du Moyen-Orient) ou le SRAS-CoV-1, les deux coronavirus ayant émergé au cours des dix dernières années, l'hôte intermédiaire avait très rapidement été trouvé. Ce qui n'est pas le cas actuellement. Peut-être que cet hôte intermédiaire n'existe tout simplement pas.
Cela veut-il dire qu'une souche du virus a pu circuler à bas bruit, un temps, sans être pathogène ?
Pour avoir cette information, il faudrait faire des enquêtes rétrospectives pour voir quand les anticorps sont apparus pour la première fois dans une population. C'est une approche habituelle pour toutes les maladies émergentes. C'est ainsi, par exemple, qu'on a découvert que le virus du Sida circulait plus de dix ans avant qu'on l'identifie. Or cette donnée-là, une enquête rétrospective sérologique à large échelle, d'une ville comme Wuhan par exemple, n'a jamais été faite. En tout cas jamais publiée.
Que vous reste-t-il à élucider ?
On poursuit les efforts d'investigation de façon à voir s'il n'y aurait pas, chez la chauve-souris, des virus qui auraient directement un "site furine". Cela reste une hypothèse ouverte. On étudie aussi le phénotype de l'une de ces souches, que l'on a réussi à cultiver. On regarde si le virus peut être transmis d'individu à individu, comment son génome évolue, et s'il y a des bases pour présupposer d'une circulation silencieuse.