Sur le plan sanitaire, le ciel se dégage. "Une amélioration est observée dans l'ensemble des régions et dans toutes les classes d'âge", rapporte dans son dernier bilan publié le 17 février, Santé publique France. Après la cinquième vague, tous les indicateurs sanitaires repassent au vert. Ce vendredi, le nombre de patients diagnostiqués Covid-19 en soins critiques est retombé sous la barre de 3 000. Une première depuis le 19 décembre. De leurs côtés, les hospitalisations quotidiennes affichent une baisse de 23% sur les sept derniers jours. Sur ce tableau épidémique encourageant, une seule ombre au tableau : le sous-variant BA.2 du variant Omicron poursuit sa progression, tout en restant minoritaire.
A l'échelle nationale, sa proportion augmente : 10,7% des séquences interprétables au 31 janvier 2021, selon les derniers chiffres officiels. "Les données préliminaires de l'enquête Flash S06 (07/02) confirment cette tendance à l'augmentation, avec 14,9% de BA.2 parmi les 757 séquences Omicron", indique Santé publique France. S'il est encore difficile d'avoir une vision détaillée"région par région", "le sous variant BA.2 est en augmentation partout en France pour l'instant", assure à L'Express Yannick Simonin, virologiste et enseignant chercheur à l'université de Montpellier. Cependant, le petit frère de BA.1 n'est pas présent dans les mêmes proportions selon les territoires. La palme revient à la Nouvelle-Aquitaine avec 28,4% des séquences Omicron de l'enquête Flash S05 correspondant à ce sous-lignage.
"Cette différence pourrait être liée à une introduction plus précoce de BA.2 en Nouvelle-Aquitaine, où ce sous-lignage a été détecté dès Flash S01 - soit au 3 janvier 2022", avance l'agence nationale. À noter que la Nouvelle-Aquitaine possède le taux d'incidence régional le plus élevé - 1641 cas de Covid-19 pour 100 000 habitants au 17 février. Parmi les autres régions où le sous variant gagne du terrain : l'Ile-de-France où la part du BA.2 grimpe à ce jour à 16% rappelle Yannick Simonin. Pour mieux comprendre son évolution sur le territoire, il est intéressant de regarder du côté du Danemark, où BA.2 est devenu le variant dominant. Il représente désormais près de 90% des cas quotidiens dans le pays scandinave, d'après le séquençage. "Dans le pays scandinave, il y a un suivi fin des variants qui circule donc on a presque une vision en temps réel de leur circulation dans le pays", reprend le virologiste.
"BA.2 semble supplanter petit à petit le variant initial"
Dans son évaluation du risque posé par Omicron, dévoilé le 31 janvier, le Statens Serum Institute de Copenhague indique que BA.2 est 30 % plus transmissible que son grand frère. "Selon les informations partielles dont nous disposons, BA.2 se multiplierait plus rapidement dans certains types de cellules. En parallèle, les études de terrain montrent que les personnes infectées par BA.2 seraient contagieuses plus tôt que les personnes infectées par BA.1", déroule Yannick Simonin. Autrement dit, l'apparition des symptômes semblerait plus rapide avec ce sous-lignage, ce qui pourrait expliquer pourquoi BA.2 se transmet plus rapidement entre les individus. Le sous-lignage BA.2 représente actuellement que 13 % des séquences génomiques Omicron à l'échelle mondiale, affirme Marc Gozlan, journaliste médico-scientifique dans Le Monde, le 17 février dernier.
"Le sous-variant BA.2 d'Omicron est en train de gagner du terrain dans le monde, (...) Il est encore minoritaire en France, mais semble petit à petit supplanter le variant initial BA.1", intervient Antoine Flahault, directeur de l'Institut de santé globale et professeur à la faculté de Médecine à Genève. Cependant, la croissance de BA.2 en France est plus lente que celle observée pour le variant Omicron au cours du mois de décembre 2021. "Entre Omicron et Delta, il y avait un avantage de contagiosité plus important", détaille Yannick Simonin. Or, l'avantage de transmissibilité de BA.2 n'apparaît pas suffisant pour modifier de manière importante la tendance évolutive actuelle. Par ailleurs, l'expérience danoise nous informe que BA.2 ne serait pas plus virulent que BA.1. "Il est à peu près comparable au variant Omicron, il n'y a pas de différence notable", remarque Yves Buisson, épidémiologiste et président de la cellule Covid-19 de l'Académie nationale de médecine, pour qui ce sous-variant ne représente pas une menace.
Antoine Flahault appelle à la prudence
Malgré la progression de BA.2, son impact sur la dynamique épidémique en France reste, pour l'instant, mineur. "Il faut qu'il reste sous surveillance, mais ce sous-variant ne présente aucun élément d'inquiétude particulier", poursuit Yves Buisson. Reprenons l'exemple de la Nouvelle-Aquitaine où BA.2 s'installe : le taux d'incidence est en baisse depuis le 27 janvier. Idem du côté des admissions hospitalières qui diminuent depuis le début du mois de février (162 au 17 février contre 244 au 5 février). "Une reprise épidémique sur le moyen terme associée à BA.2 est assez improbable", tranche Yannick Simonin. En effet, le contexte sanitaire reste pour l'instant favorable puisqu'une grande partie de la population est soit vaccinée (78,8% ont un schéma vaccinal complet) ou bien a été infectée par BA.2. Autre information rassurante : selon une étude britannique, les vaccins actuellement disponibles sont tout aussi efficaces contre BA.2 que contre BA.1.
"La seule chose que BA.2 peut faire, c'est de ralentir la baisse de l'épidémie", reprend le virologiste. La progression de BA.2 n'a pas empêché le Danemark de lever toutes les mesures de restrictions le 1er février. Et le gouvernement français emprunte la même voie avec la fin envisagée du passe vaccinale au printemps. Cependant, certains spécialistes restent sur leurs gardes. "Il faut en effet rester prudent et ne lever les mesures qu'en fonction de l'amélioration des indicateurs sanitaires", prévient Antoine Flahault. Selon lui, "l'augmentation actuelle de la mortalité au Danemark à des niveaux record reste préoccupante". Au 18 février, le pays scandinave comptait 38 décès quotidiens sur les sept derniers jours, selon la plateforme de données Our World in Data. A cela, l'autorité de santé danoise a répondu que les courbes représentaient les morts "avec Covid-19" et non les personnes décédées à cause du Covid-19.