Il s'est imposé en catimini en France mais il provoque désormais une forte hausse des nouvelles contaminations. Le sous-variant BA.5, descendant de la famille Omicron, est désormais majoritaire parmi les nouvelles contaminations enregistrées dans l'Hexagone. Plus contagieux, et bénéficiant de l'effet d'érosion de la protection immunitaire conférée par le vaccin et les infections précédentes, il a entraîné la semaine du 20 au 26 juin une hausse de 53% du taux d'incidence, et commence à faire remonter les hospitalisations.
D'où vient ce sous-variant ?
BA.5 est un sous-variant de la famille Omicron, une des branches d'évolution du Sars-CoV-2, à l'image d'Alpha ou Delta. Mais contrairement à ces deux souches précédentes, Omicron et ses sous-variants (nommés de BA.1 à BA.5) ont dominé les contaminations au cours de l'année 2022, et ils représentent désormais la grande majorité des infections du monde entier.
Le sous-variant BA.5 a été identifié en mai par des chercheurs sud-africains, un pays particulièrement en pointe dans le séquençage des tests, qui avait été également à l'origine du séquençage d'Omicron. Les scientifiques estiment que le BA.5 pourrait provenir d'une évolution de BA.2, la lignée d'Omicron qui est devenue majoritaire en France au mois de mars. BA.5 s'accompagne d'un autre sous-variant, qui lui est proche, à savoir BA.4. "Tandis que le variant BA.2 était aussi différent de BA.1 que le variant Delta l'était du variant Alpha, la divergence évolutive entre BA.4 et BA.5 est plus limitée", expliquait récemment l'épidémiologiste Mircea T. Sofonea dans une interview au site The Conversation.
Selon le dernier bulletin de Santé Publique France, publié jeudi 30 juin, BA.5 est désormais majoritaire dans les nouvelles contaminations en France. "Lors de l'enquête Flash du 13 juin, le sous-lignage BA.5 du variant Omicron devenait majoritaire, représentant 59% des séquences interprétables, remplaçant le variant BA.2 qui n'en représentait plus que 21%. BA.4 était, quant à lui, retrouvé dans 6% des séquences", détaille ainsi SPF.
Est-il plus contagieux ?
BA.5 semble effectivement avoir une capacité à se transmettre encore supérieure à celle de ses prédécesseurs. Les travaux menés par l'équipe de Samuel Alizon, modélisateur et directeur de recherche au CNRS, ont montré que le BA.5 avait un avantage de croissance de près de 10% par rapport à BA.2. Cette capacité accrue à se développer en population peut s'expliquer par deux voies, soit le virus est intrinsèquement plus contagieux (par exemple en développant une meilleure capacité à "s'attacher" aux cellules pour mieux s'y répliquer), soit il est en mesure de contourner plus habilement les défenses immunitaires naturelles de l'organisme ou conférées par la vaccination.
Cette deuxième hypothèse se vérifie déjà. Une étude publiée le 22 juin 2022 dans The New England Journal of Medicine (NEJM), montre que BA.4 et BA.5 parviennent à contourner les défenses immunitaires de façon particulièrement remarquable. Selon cette étude, le niveau des anticorps neutralisants chez les personnes vaccinées était bien inférieur pour BA.5 que pour BA.1 ou BA.2. "Ces données montrent que les sous-variants BA.2.12.1 (une évolution du sous variant BA.2), BA.4 et BA.5 échappent sensiblement aux anticorps neutralisants induits à la fois par la vaccination et l'infection. De plus, les titres d'anticorps neutralisants contre le sous-variant BA.4 ou BA.5 et (dans une moindre mesure) contre le sous-variant BA.2.12.1 étaient inférieurs aux titres contre les sous-variants BA.1 et BA.2, ce qui suggère que le variant Omicron du Sars-CoV-2 a continué d'évoluer avec un échappement à la neutralisation croissant", concluent les chercheurs.
Entraîne-t-il des cas plus graves ?
Pour le moment, le BA.5 ne semble pas provoquer des cas plus graves, menant sensiblement à une augmentation du risque d'hospitalisation ou de décès. Alors que les nouveaux cas continuent de croître à grande vitesse en France, la courbe des nouvelles hospitalisations est elle aussi en augmentation, mais à un rythme bien plus lent. Près de 125 000 nouveaux cas ont été comptabilisés mercredi soir par Santé publique France, soit 57% de plus qu'une semaine auparavant et au plus haut niveau depuis fin avril. En comparaison, les hospitalisations ont augmenté de 35% par rapport à la semaine dernière. Les taux d'hospitalisation étaient particulièrement élevés chez les 80-89 ans (35,4 pour 100 000 habitants) et les 90 ans et plus (61,8 pour 100 000), précise Santé publique France.
La protection conférée par le vaccin diminue dans le temps, et "les personnes qui ont contracté une infection par Omicron BA.1 en décembre sont moins bien protégées qu'elles ne l'étaient en début d'année", résumait Samuel Alizon. Mais la protection contre les formes sévères continue d'être très forte : "Il en va de même pour l'immunité conférée par les vaccins : même si elle demeure très robuste contre les formes sévères, elle diminue un peu contre les infections moins sévères".
Quels sont les symptômes ? Sont-ils plus forts ?
Pour le moment, il est difficile d'affirmer que ce sous-variant provoque intrinsèquement des symptômes plus forts. Santé Publique France note effectivement une hausse de la fréquence de certains signes, comme des fièvres ou des maux de gorge ou une fatigue plus marquée chez les patients actuellement contaminés, mais sans preuve que cela soit lié intrinsèquement au virus. Cela pourrait être dû à une baisse de la protection vaccinale, ou en raison de réinfections.
Ces symptômes peuvent durer en moyenne un ou deux jours de plus que les précédents symptômes observés chez les personnes infectées il y a plusieurs mois, "Les cas de BA.4 et BA.5 présentaient plus fréquemment que les cas de BA.1 un écoulement nasal, des nausées/vomissements", ou encore des pertes de goût et d'odorat, soulignait l'agence dans un document le 15 juin. Par ailleurs "la durée médiane des signes était de sept jours, soit plus longue que pour les cas de BA.1".
Les personnes qui n'ont jamais eu le Covid ont-elles des symptômes plus marqués ?
Cette assertion a été relevée par plusieurs patients, qui disent n'avoir jamais été testés positifs depuis le début de l'épidémie avant d'être contaminés récemment et d'imputer leurs symptômes particulièrement "costauds", à ce nouveau sous-variant. Pour le moment, aucune donnée scientifique ne permet d'affirmer qu'une primo-infection par le sous-variant BA.5 du Sars-CoV-2 provoquerait des signes plus forts.
Pour répondre à cette question il faudrait pouvoir inclure dans une cohorte spécifique des personnes qui n'ont jamais croisé le virus avant leur infection à BA.5, pour les comparer à une cohorte de patients qui auraient déjà contracté le Covid via un variant précédent, et qui seraient actuellement positifs au BA.5. "Pour le moment, nous n'avons pas la réponse", répond Bruno Canard, virologue au CNRS et spécialiste de ces virus.
Pourrait-il gâcher notre été ?
La hausse des cas de Covid-19 s'observe partout en Europe. "Comme les pays à travers l'Europe ont levé les mesures sociales qui étaient en place, le virus va circuler à des niveaux élevés au cours de l'été", prévenait jeudi Hans Kluge, le directeur pour l'Europe de l'organisation de l'ONU. Mais pour le moment, les différents pays européens sont très réticents à remettre en place des restrictions. De même pour le gouvernement français, qui malgré une reprise très vive des cas, ne semble pas se diriger vers un rappel de vaccin obligatoire, un retour du passe sanitaire, ou une obligation du port du masque, notamment car la pression sur l'hôpital semble encore mesurée.
La septième vague de Covid-19 ne devrait donc "pas gâcher l'été", a estimé jeudi le président du conseil scientifique Jean-François Delfraissy sur RTL. Mais le système de soins pourrait être de nouveau sous tension vers la fin juillet. "Là où est la difficulté pour cet été, c'est qu'on a une poussée avec le nouveau variant (BA.5) - et on s'attend à 1500 admissions quotidiennes à l'hôpital d'ici une semaine - c'est-à-dire comme au mois de mars, alors que l'offre de soins est plus faible", a-t-il relevé. "Il suffit qu'il y ait une bascule d'un nombre d'hospitalisations plus grand lié au Covid sur un système de soins fatigué et il va y avoir une balance difficile fin juillet-début août" au moment du pic, a-t-il prévenu.
Pour limiter au maximum les décès liés au Covid et une nouvelle saturation des hôpitaux, les autorités sanitaires insistent donc sur un rappel vaccinal pour les plus fragiles, dont le système et la mémoire immunitaires sont moins robustes. "Il faut se faire vacciner dès maintenant si vous avez plus de 60 ans et un certain nombre de facteurs de risques", exhortait jeudi Jean-François Delfraissy. "Parce que ces vaccins existent, ils sont efficaces contre le variant BA.5 sur la survenue de formes graves, et les nouveaux vaccins qui seront à notre disposition vont avoir une disponibilité qu'on ne connaît pas encore et que je situe plutôt en octobre ou début novembre", a-t-il ajouté.
Y a-t-il un vaccin adapté ?
Les vaccins adaptés à ce variant ne sont pas encore en vente. Aux Etats-Unis un comité d'experts américains s'est prononcé en début de semaine en faveur d'un rappel de vaccin visant spécifiquement Omicron, augurant d'un besoin d'injections annuelles contre le Covid, à l'instar de la grippe.
Les deux géants du secteur, Pfizer et Moderna, sont actuellement en train de développer un vaccin contre Omicron. Ils ont récemment annoncé que ces vaccins présentaient des résultats prometteurs. Les experts n'ont toutefois pas eu à préciser quel sous-variant d'Omicron ils voudraient voir ciblé : contre BA.1, le premier lignage d'Omicron, ou contre BA.4 et BA.5. L'agence américaine du médicament, la FDA, a de son côté indiqué jeudi aux fabricants que les injections de rappel prévues pour cet automne et l'hiver devraient inclure des éléments visant spécifiquement ces derniers sous-variants.
La piste qui semble aujourd'hui être privilégiée par les scientifiques est celle d'un vaccin qui ciblerait à la fois la première souche du virus, pour obtenir une large protection, et les derniers sous-variants BA.4 et BA.5.
Pfizer a publié des résultats préliminaires montrant que son vaccin contre BA.4 et BA.5 provoquait une forte production d'anticorps chez des souris, mais n'a pas encore entrepris d'essais cliniques chez les humains. Novavax, qui fabrique un vaccin "sous-unitaire" (qui contient une partie du virus mais non le virus entier), a indiqué qu'il pourrait proposer un remède contre BA.4 et BA.5 d'ici la fin de l'année.